כבר למעלה מ-20 שנה עובד הרב רפי במכון פוירשטיין,
כתלמיד וקולגה של אביו המנוח וכממשיך דרכו.
כיום הוא נחשב לאחד המומחים המובילים בשיטת האבחון הדינאמי.
הרב ד”ר פוירשטיין הוא זה שהעלה את קרנו של מכון פוירשטיין למקומו הנוכחי בנוף החינוכי-טיפולי,
בזירה המקומית והבינלאומית.
בשנת 1989 חל מפנה בדרכו המקצועית של הרב פוירשטיין עם לידת בנו השני אלחנן הלוקה בתסמונת דאון. הוא השלים את התואר והדוקטורט באוניברסיטת ‘פריז 8’ בצרפת
ובכך החלה דרכו כמומחה בתחום ההתפתחותי - קליני.
בשנת 2014 לאחר פטירתו של אביו, התמנה הרב ד”ר רפי פוירשטיין לנשיא מכון פוירשטיין
תפקיד אותו הוא ממלא עד היום.
כיום הרב ד”ר פוירשטיין מרבה להרצות בארץ ובעולם בכל מה שקשור לחינוך,
טיפול ויהדות וכן פועל רבות לצמצום הפערים בחברה ובחינוך,
שילוב אנשים עם מוגבלויות בחברה וקידום זהות יהודית משותפת לכל יהודי באשר הוא.